Тренер команды Белиз: "Начало современной "Малаги" стоит искать в ее предшественнице - "Клуб Депортиво Малага", чьей резервной командой и был нынешний "Малага Клуб де Футбол". Он был основан 25 мая 1948 года, когда "КД Малага" реформировала детско-юношескую команду "КД Томас" с целью создания на ее базе своей резервной команды. Она получила имя "Клуб Атлетико Малагуэньо", тем самым возродилось имя одного из двух клубов, которые сформировали "КД Малага" в 1933 году.

В течении сезона 1959/60 обе команды играли вместе в третьем дивизионе. По правилам, "КА Малагуэньо" должен был понизиться в классе ( одновременная игра основной и резервной команды в одном дивизионе не допускается). Чтобы избежать этого, "КА Малагуэньо" разорвало отношения с "КД Малага" и зарегистрировала себя как отдельный независимый клуб.

В 1992 году, когда "КД Малага" по финансовым причинам прекратило свое существование, "КА Малагуэньо" продолжало играть. В сезоне 1992/93 команда играла в 9-ой группе Терсеры. Успешно пройдя чемпионат, клуб добыл себе повышение в Сегунду Б. Однако в следующем сезоне клуб вылетел и столкнулся с серьезными денежными проблемами, стоял на грани роспуска. На референдуме 19 декабря 1993 года члены клуба высказались "за" изменение названия. Так "КА Малагуэньо" стал клубом "Малага Клуб де Футбол", становясь официальным наследником команды-основателя "Клуб Депортиво Малага".

В 2000-х годах клуб был богат талантливой молодежью и сильными игроками, а также представил более современный стадион. И хотя Малага никогда не занимала высоких мест, она была успешна под руководством очень популярного тренера Хоакина Пейро.

Они единый раз принимали участие в еврокубках, но добыли трофей - Кубок Интертото, последовательно выбив «Гент» , «Виллем II» и одолев в "испанском финале" «Вильярреал». Этот успех позволил клубу выйти в Кубок УЕФА.

В этом турнире малажане дошли до стадии четвертьфинала, уступив «Боавиште» в серии пенальти, но выбив боснийский «Железничар», польскую «Амику», английский «Лидс Юнайтед» со счетом 2:1 благодаря дублю панамца Хулио Дели Вальдеса (нынешнего тренера сборной Панамы)на Элланд Роад, и афинский «AEK».

После ухода Пейро начался медленный спуск вниз. Основные лидеры, среди них уругваец Дарио Сильва, голландец Кики Мусампа, Хулио Дели Вальдес и известный вратарь Педро Контрерас оставили клуб.

Команду принял Хуанде Рамос и сразу выдал лучший результат "Малаги" в ее истории - домашний разгром "Барселоны" 5:1, с хет-триком арендованного у "Валенсии" Сальвы. Хуанде Рамос в следующем сезоне ушел добывать титулы с "Севильей", а в Малагу приехал Грегорио Мансано.

Однако Мансано, приняв команду на высоком для нее 10-м месте, не смог остановить ее падение, и в следующем сезоне "Малага" вылетела в Сегунду с последнего места, набрав лишь 24 очка.В Сегунде падение продолжилось, несмотря на удачный старт. И два из оставшихся до конца 6 туров "Малага" провела в зоне вылета, однако смогла спастись.

Следующий сезон в Сегунде уверенности не внушал. Многие игроки были проданы, фаны беспокоились. Выиграв 8 из 11 первых игр, "Малага" всерьез претендовала на повышение, но тут наступил спад формы и лидерство перешло к "Нумансии". "Малага" оказалась втянута в битву за повышение в классе перед последним туром со "Спортингом" из Хихона и "Реал Сосьедадом". При этом были непростые условия: "Малаге" необходима была своя победа и осечка одного из соперников. Малажане выиграли 2:1 за счет дубля Антонио Идальго, заняли второе место и вышли в Примеру вместе с хихонцами, "отцепив" басков из Сан-Себастьяна.

Чтобы отпраздновать "сезон повышения в классе" руководство "Малаги" в 2008 начало он-лайн продажу альбомов картинок и фотографий с лучшими моментами ушедшего сезона."